Đi sâu vào chi tiết hơn, sau khi để Bayern Munich vươn lên và chiếm ngôi đầu bảng, thì ở vòng thứ 26 Bundesliga mùa giải 2001/2002 Leverkusen đã bất ngờ đánh bại được Dortmund rồi giành lại vị trí dẫn đầu. Và cứ thế mạch trận thăng hoa cứ thế nối tiếp đối với đoàn quân của HLV HLV Toppmoller. Thế nhưng ở giai đoạn then chốt nhất của mùa giải năm ấy, ở các lượt đấu 31,32 và 33 thì đội bóng chủ sân Bay Arena đã không thể giành thêm được 3 điểm trọn vẹn nào. Họ hoà 1-1 trước Hamburg, sau đó thua 1-2 trước Weder Bremen. Ở vòng 34, các học trò của Toppmoller tự bắn vào chân mình khi thua Nuremberg 0-1. Sảy chân đáng tiếc của Leverkusen đã tạo tiền đề cho Brussia Dortmund soán ngôi đầu bảng và giành chức vô địch Bundesliga vô cùng kịch tính, cho dù ở vòng đấu cuối cùng của mùa giải, đội bóng miền Tây nước Đức đã giành chiến thắng rất giòn giã trước Hertha Berlin nhưng điều đó là không đủ. Một cái kết đầy cay đắng cho Toppmoller và các học trò sau nhiều ngày dẫn đầu Bundesliga.
Hành trình ở Champions League của Leverkusen khiến những người hâm mộ tỏ ra nuối tiếc hơn. Ở vòng bảng đầu tiên tại Champions League 2001-02, Bayer Leverkusen đã giành một chiến thắng rất thuyết phục 2-1 trước Barcelona trên sân nhà Bay Arena của mình. Qua đó họ giành vé vào vòng bảng thứ 2 với 12 điểm sau 6 trận. Bước vào vòng tiếp theo họ sẽ gặp những thử thách đầy cam go nhưng Leverkusen đã đánh bại cả Juventus lẫn Deportivo La Coruna để hiên ngang bước vào vòng knock-out. Tại Tứ kết, đoàn quân của HLV Toppmoller lội ngược dòng trên sân nhà với tỉ số 4-2 trước đối thủ rất mạnh là Liverpool để giành vé đi tiếp đầy kịch tính.
Tại Bán kết của mùa giải năm ấy, Leverkusen tiếp tục viết nên câu chuyện cổ tích đầy mộng mơ và diệu kỳ của mình. Khi họ thẳng tay lại Manchester United sau 2 lượt trận hòa đầy nảy lửa với tổng tỉ số 3-3, đội bóng miền Tây nước Đức là những người đi tiếp nhờ luật bàn thắng trên sân khách. Thế nhưng, câu chuyện cổ tích đầy mộng mơ ấy đã phải vội vàng đóng lại khi ở trận chung kết C1, Zidane chính là người xé toang trang cuối cùng và Bayer Leverkusen đã lỡ mộng với việc xưng bá Châu Âu ở mùa bóng năm ấy.
4 ngày sau khi thua trước Real Madrid, đoàn quân của HLV Topmoller có cơ hội gỡ gạt lại băng chức vô địch Cúp Quốc gia Đức khi gặp Schalke tại đêm chung kết định mệnh ấy. Dimitar Berbatov thậm chí đã khai thông thế bế tắc cho Leverkusen ở phút thứ 27, cứ ngỡ rằng có được bàn thắng mở tỉ số Leverkusen sẽ chơi thăng hoa hơn nữa. Thế nhưng, họ bắt đầu chơi chùn xuống và để Schalke vùng lên và ghi liền 4 bàn đầy bất ngờ trong cuộc đối đầu này để giành Cúp quốc gia Đức. Rốt cuộc, Leverkusen đã trở thành “kẻ về nhì” ở 3 giải đấu, một kẻ về nhỉ vĩ đại trong lịch sử bóng đá.
Sau mùa giải trắng tay đó, cả Ballack lẫn Ze Roberto đều nói lời chia tay với CLB và Leverkusen không bao giờ khôi phục lại được sức mạnh, vị thế và hình ảnh như mùa bóng năm ấy nữa, một cái kết buồn cho một trang sử vẫn còn dở dang. Tuy nhiên, những hồi ức đẹp đẽ về Leverkusen mùa bóng 2001-2002 vẫn còn lưu dấu trong lòng nhiều người hâm mộ với nhiều hồi ức tuyệt vời nhưng cũng đầy tiếc nuối.
